Alors que Craig Venter et son équipage sont encore en mer, les premiers résultats de leurs études ont été publiés et apportent une preuve de l’importante diversité des océans.
L’expédition pilote du « Global Ocean Sampling » (GOS) a débuté en 2003 par une courte croisière dans la mer des Sargasses. Alors que l’on pensait que l’océan était (un endroit) pauvre en diversité génétique, le succès scientifique de cette croisière à bord du Sorcerer II (un million de nouveaux gènes isolés, des centaines de nouveaux récepteurs), a ouvert de nouvelles perspectives d’exploration.
Dans un article publié dans « PloS Biology », Venter et ses collègues décrivent les analyses métagénomiques qu’ils ont utilisées pour isoler l’ADN. 44 échantillons (chacun prélevé sur plus de 200 miles nautiques) ont été récoltés dans la première partie de leur tour du monde (depuis Halifax jusqu’en Polynésie française). Chaque échantillon a été purifié grâce à des filtres de plus en plus petits afin d’isoler les bactéries et virus. Les analyses se sont ensuite déroulées dans les séquenceurs du « Craig Venter Institute » où 7,7 millions de séquences nucléotidiques, comprenant plus de 6,3 milliards de paires de bases, ont été analysées. 1700 nouvelles classes de protéines ont alors été identifiées et, au fur et à mesure que les nouveaux échantillons arrivent, ce nombre ne cesse de croître. Craig Venter se demande d’ailleurs si un degré de saturation va apparaître ou bien si le nombre total de protéines existantes est tellement grand que nous sommes encore loin d’une saturation. 60 nouvelles espèces, pour la plupart bactériennes, auraient d’ailleurs été mises à jour.
Ce travail permet également d’étoffer la taille de certaines familles protéiques pour mieux comprendre leurs évolutions et leurs fonctions. Ainsi, des « familles clés » de protéines comme les kinases, les photolyases ou encore les glutamine-synthases ont été étudiées plus en détail.
Pour gérer et analyser cette quantité faramineuse de données, les scientifiques ont annoncé le lancement d’une nouvelle base de données disponible en ligne et dotée d’une capacité de très haut débit. Ce système nommé « Community Cyberinfrastructure for Advanced Marine Microbial Ecology Research and Analysis » (CAMERA) a été financé par la fondation Gordon et Betty Moore (voir BE Etats-Unis 19 – Fouilles profondes de surface). Avec plus de 24,5 millions de dollars sur sept ans, ce programme a été développé par le département « California Institute for Telecommunications and Information Technology » (Calit2) de l’Université de San Diego en partenariat avec le Craig Venter Institute.
Les bases de données de CAMERA ainsi que ses outils sont des ressources qui permettent aux scientifiques de se connecter depuis leurs ordinateurs personnels pour avoir aux logiciels et données pour réaliser leur recherche.
Les chercheurs du « Craig Venter Institute » espèrent que cette série de données va aboutir vers une meilleure compréhension des processus biologiques clés. Cela pourrait susciter des idées nouvelles pour la production alternative d’énergie, la production de molécules actives ou apporter des solutions écologiques durables.
Source : BE Etats-Unis numéro 71 (23/03/2007) – Ambassade de France aux Etats-Unis / ADIT
http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/41968.htm