Dans le cadre du rétablissement du caractère maritime du Mont-Saint-Michel, le syndicat mixte est chargé, depuis 2012, de suivre les effets de cette opération sur les espèces d’intérêt communautaire et notamment la colonie de phoques vivant dans la baie.
Ce programme a été défini en partenariat avec la DREAL Normandie et le Conservatoire du littoral, opérateur Natura 2000.